یکی از قابلیتهای گنجور رومیزی این است که می‌توانید به کمک آن یک یا چند بیت از یک شعر یا تمامی شعر را نشانه‌گذاری کنید تا بعداً بتوانید آن را راحت‌تر پیدا کنید.
برای نشانه‌گذاری یک بیت ابتدا باید شماره‌گذاری را فعال کنید تا شماره‌های ابیات در سمت راست آنها نمایش داده شود. بعد با کلیک بر روی هر شماره به جای آن یک ستاره نشان داده می‌شود که به معنای آن است که آن بیت نشانه‌گذاری شده. اگر روی ستاره دوباره کلیک کنید، ستاره برداشته می‌شود و جای آن را دوباره شمارهٔ بیت می‌گیرد. اگر می‌خواهید تمام بیتهای نشانه‌گذاری شده از این حالت خارج شوند روی دکمهٔ حذف نشانه کلیک کنید.
برای نشانه‌گذاری کل شعر (و نه یک یا چند بیت خاص) روی دکمهٔ نشانه‌گذاری روی نوار ابزار کلیک کنید.
فهرست نشانه‌ها را می‌توانید با کلیک بر روی دکمهٔ نشانه‌ها روی نوار ابزار به صورت صفحه‌بندی شده ببینید و با کلیک بر روی دکمه‌های صفحهٔ بعد و صفحهٔ قبل بینشان حرکت کنید. اگر یک یا چند بیت خاص از شعر را نشانه‌گذاری کرده باشید در این فهرست، از متن شعر مصرع اول اولین بیت نشانه‌گذاری شده را مشاهده می‌کنید و اگر نه، مصرع اول کل شعر را.
نشانه‌ها را می‌توانید به کمک فرمانهای برون‌ریزی (Export) و درون‌ریزی (Import) از منوی نشانه‌ها بین کامپیوترهای مختلف جابجا کنید یا از آنها پشتیبان تهیه کنید.
اینها چندتایی از ابیات زیبای سعدی هستند که در طول زمان من آنها را نشانه‌گذاری کرده‌ام:
مگر آن که هر دو چشمش همه عمر بسته باشد
به ورع خلاص یابد ز فریب چشمبندان
حواستان بود که؟ کسی از فریب «چشمبندان» ممکن است در امان بماند که «چشمش در تمامی عمر بسته باشد».
تو که گفته‌ای تأمل نکنم جمال خوبان
بکنی اگر چو سعدی نظری بیازمایی
این دو بیت متوالی از یک غزل:
جماعتی که نظر را حرام می‌گویند
نظر حرام بکردند و خون خلق حلال
غزال اگر به کمند اوفتد عجب نبود
عجب فتادن مرد است در کمند غزال!
مقایسهٔ بر و روی معشوق با مردمان عادی (اگر در خواندن، جملهٔ «اعتقاد من این است که» را به حالت معترضه و متمم جملهٔ اصلی بخوانیم به نظرم رندانگی بیت دو چندان می‌شود):
اگر تو آدمیی -اعتقاد من این است
که- دیگران همه نقشند بر در حمام!
و این هم یک خودستایی شیرین -شاید هم کمی لوس- از سعدی:
من دگر شعر نخواهم که نویسم که مگس
زحمتم می‌دهد از بس که سخن شیرین است!
مگس زحمتش می‌داده! روی شعرش می‌نشسته!
احسنت بر دوست اديبم.باز هم بنويس که من تشنه ي اب زلال انتخابت هستم.